崇明作为国家可持续发展实验区、中国长寿之乡、全国绿化模范县、全国科普示范县、上海低碳经济示范区，以有机农产品、特色种养业和绿色食品加工为主体的生态农业为产业发展主体，其中：崇明白山羊、黄金瓜、白扁豆、甜芦粟、珍珠米、中华绒螯蟹、北湖有机大米等均是享有盛誉的特色农产品，绿色键康，营养价值高。
为倡导绿色健康理念，崇明财政在推进崇明绿色食品产业化、规模化，促进农产品质量和数量双提升方面不断加大投入力量。一是为推进农业设施装备现代化，提高以水稻生产机械化为主的农业装备水平，建设机械化育秧基地，鼓励农户接受先进生产技术，对采用机械化育插秧技术的农户与农民专业合作社给予补贴，市县两级财政共补贴财政资金837.8万元，着力推进水稻生产基本作业全程机械化。二是做好农业综合开发产业化财政补助和贷款贴息工作。财政补助项目5个，总投资4555.04万元，通过扶持该县符合国家农业综合开发政策扶持导向的农业产业化龙头企业的改扩建实现扩大再生产；贷款贴息项目3个，贴息资金193万元，通过对该县符合国家农业综合开发政策扶持导向的农业产业化龙头企业的固定资产和流动资金贷款予以贴息扶持，为农业产业化发展提供坚实的财力保证。三是鼓励农民多种粮、种好粮，稳定粮食生产，确保补贴资金落实到位，保障农民种粮收益，充分发挥粮食生产补贴政策效应。农民种植水稻发放补贴3004.86万元，水稻良种补贴1774.28万元，两麦良种补贴559.83万元，玉米、棉花、油菜等良种补贴65.89万元，渔船柴油补贴3722.02万元，农资综合补贴4874.32万元。