青浦区财政局机关内设科室16个，其中，业务科室9个：预算科、行政事业科、农业科、经济建设科、企业（投融资）科、会计科、社会保障科、财政监督科、国库科；综合科室4个：办公室、机关党工委、人事教育科、监察室；事业单位3个：财政资金收付中心、小企业贷款信用担保中心、政府采购中心。
目前实有在编在册人数121人，其中：局机关104人，有17名干部分布在各镇、街道、工业园区财政科。另外，在各镇、街道及工业园区从事财政工作的其他编制人员113人。目前干部学历情况：大学本科及以上人员占50%（其中：研究生2人、在读研究生3人）。