1991年上海市对亏损企业核定亏损指标，实行亏损包干；组织国内粮油货源，压缩进口数量，及时了解国际粮价的浮动行情，降低进口粮成本，适时推进主副食品的价格改革，提高粮油销价，调整部分行业用粮的平价供应范围。使粮油亏损补贴压缩到14．82亿元，比1990年减少亏损补贴3.73亿元。外汇汇率调整后，上海市根据中央规定从1991年起取消了外贸出口的亏损补贴，自负盈亏。1991年国营企业亏损补贴30.14亿元，比上年减少10.12亿元。 

　　1993年国有企业亏损补贴33.59亿元，比1992年增加8.77亿元。其中公用企业、农用化肥、民用煤等亏损补贴15.42亿元，比1992年增加7.75亿元，主要是由于1993年起煤炭、汽油等燃料的价格大幅度提高，水运、陆运等价格提高以及进口重油实行代理价和工资、费用增加，成本数倍上升，国家对公用企业的亏损补贴比1992年增加1.6倍。 

　　1994年国有企业亏损补贴42.07亿元，比上年增加8.77亿元。自从1992年上海对主副食品流通体制进行重大改革，粮食经营实行政策性业务和商业性经营两条线运行以来，由于价格放开后政府需要兼顾生产者和消费者的利益，因而财政补贴支出的压力加大。1994年副食品亏损补贴比1993年增加6.44亿元，粮油增加0.66亿元，公用企业增加5.42亿元，尿素、磷肥增加0.22亿元，碳铵增加0.03亿元。其他亏损补贴有所减少。 

　　1994年税制改革后，随着新的所得税税制的实施，企业发生的年度亏损补贴可以利用下年度的税前利润弥补，不足弥补的，可以在5年内用所得税税前利润延续弥补。 

　　鉴于企业既享受政策性补贴，又享受经营性补贴，且财政负担沉重的情况，1995年，上海市对主副食品取消购销倒差补贴，逐步取消经营性补贴，把政府的储备职能同企业的经营权分离；以后年度主副食品财政补贴的总数固定在1994年的20.8亿元上；减少亏损补贴的资金建立企业转制基金，用于企业转制改革。 

　　1995～1999年，计划亏损补贴控制在一个比较平稳的水平。 

　　2000年亏损补贴为37.23亿元，同比下降17.0％，主要是在企业市场化的过程中，对煤气公司亏损补贴额减少。 

　　2002年，中国加入世界贸易组织WTO以后，按照约定，国务院于2002年、2003年分两批取消1200多项审批事项，缩小政府定价范围，扩大市场对资源的配置的范围，推动国有企业市场化。2003年开始，国有企业计划亏损补贴呈加速下降趋势。2004年国有企业计划亏损补贴为27.51亿元，比2003年下降24.0％，2005年比2004年又下降34.6％。