科学技术普及经费（2003年在实行部门预算前称为科协事业费）包括科技馆站、科学普及活动、学术活动等支出项目。1991年，科协事业费支出899万元，2005年为1.52亿元，比1991年增加15.87倍。1991～2005年，科学技术普及经费7.65亿元，占科学事业费的7.78%。 

　　1991～1994年，科学技术普及经费主要用于科普人员经费和公用经费。1995年确立“科教兴市”战略后，科普设施和场馆建设以及提高市民的科技素养成为科学技术普及经费的支出重点，包括举办上海科技节、青少年科技节、科技周等大型科普活动以及上海科技精英奖的组织、评选等。2000年，全市地方财政安排科学技术普及经费1325万元，按管理范围，市级支出475万元，区县支出850万元，人均1.02元。2005年，科学技术普及经费支出1.52亿元。 

　　2002年，在科学技术普及经费中，安排专项资金用于上海科技馆举办以“科技创造未来”为主题的科技活动周，共开展322项科技普及活动，共有250万人次参加。2004年，安排专项资金用于上海地震馆、上海昆虫博物馆等十大科普基地的提升，并引导社会资金支持科普电子画廊、科普博览会、科普著作出版、科普及创意产业等。