随着改革开放的深入，国家从1985年开始实行出口退税政策，在实施过程中，出口退税负担机制有过多次调整。1985~1987年，中央和地方按企业隶属关系分别负担出口退税。1988~1990年，出口退税全部由中央负担。1991~1992年，中央外贸企业的出口退税仍由中央负担，地方外贸企业的出口退税：1991年由地方负担10%，中央负担90%；1992年中央负担80%，地方负担20%。1994~2003年出口退税改为全部由中央财政负担。这项政策经过多年的运行，原有退税制度逐步显现出一些现行体制无法解决的问题，从而导致出口退税资金无法及时到位,影响企业的正常经营和外贸发展。 

　　2003年，国务院颁布《关于改革现行出口退税机制的决定》，决定从2004年起，实施出口退税机制改革。本着“适度、稳妥、可行”的原则，区别不同产品调整退税率，即对国家鼓励出口产品不降或少降，对一般性出口产品适当降低，对国家限制出口产品和一些资源性产品多降或取消退税。同时规定，从2004年起，以2003年出口退税实退指标为基数，对超基数部分的应退税额，由中央和地方按75∶25的比例共同负担。对截至2003年底累计应退未退企业的出口退税款和按增值税分享体制影响地方的财政收入的，全部由中央财政负担。其中对应退未退企业的出口退税款，中央财政从2004年起采取全额贴息等办法予以解决。 

　　2005年中央进一步完善出口退税负担机制，改为对超基数部分按92.5∶7.5比例由中央和上海共同负担，同时，中央还改进了出口退税退库方式，改由中央统一退库，年终财政结算，相应取消中央对地方的出口退税基数返还，地方负担部分通过市与区县两级财政调整解决。