1982年2月5日，国务院颁布《征收排污费暂行办法》，规定征收的排污费纳入预算内，作为环境保护补助资金，按专项资金管理，不参与体制分成。1984年5月11日市政府发布《上海市排污收费和罚款管理办法》（简称《管理办法》），1986年10月28日第一次修正，1997年12月19日第二次修正并重新发布。根据《管理办法》的要求，企业事业 

　　单位排放污染物超过国家颁发的《工业“三废”排放试行标准》和《上海市工业“废气”、“废水”排放试行标准》，均应当缴纳排污费。对缴纳排污费后，排放污染物仍未达到标准的排污单位，从开征排污费的第三年起，每年提高征收标准5％。对《中华人民共和国环境保护法（试行）》公布以后形成生产能力的和有污染物处理设施而不运行或者擅自拆除的超标排污单位，加倍征收排污费。 

　　根据《管理办法》规定，排污费收入的80%作为环境保护补助资金，主要用于补助企事业单位重点污染源的治理及“三废”综合利用项目的安排；20%部分和提高征收标准部分、罚款等，用于环境污染综合防治及环保监测仪器设备购置、环保宣传教育等。 

　　由市环保部门按月征收，征收的排污费和罚款，集中缴入地方金库，纳入预算内。作为环境保护补助资金，按照专项资金管理。支出时由市环保部门提出用款计划,市财政局统筹安排，专款专用，先收后用，量入为出，有节余可结转下年度使用。环境保护补助资金的使用情况、实现的经济效果和环境效果，由各区县主管局每年汇总1次，报送市环境保护局。市环境保护局汇总后，报市建委和国家环境保护局，同时抄送市财政局。 

　　2000年9月，上海市环保局制定了《上海市二氧化硫排污费征收和使用管理规定》，从2000年3月1日起开征二氧化硫排污费。征收范围为本市范围内燃煤、燃油和生产工艺过程等向环境排放二氧化硫的企业、事业单位和个体经营者。原在废气收费标准中的“二氧化硫”超标排污费不再征收。收费标准为0.2元／公斤,以实际监测浓度或物料衡算法计算的排放量为征收依据，按月征收。2003年12月，市财政局、市物价局和市环境保护局联合制定《上海市排污费征收管理办法》。征收对象从“企事业单位”扩大到了“单位和个体工商户”。排污费征收标准也作了重大调整，过去仅对超标排放废水进行收费，改为只要排放污水就要缴纳排污费，而超标排放还得加倍收费或超标处罚。排污费的收取对象由过去主要按照排出污染物的浓度收取，改为不仅要考虑浓度，还要考虑排放总量，以达到控制污染总量、从污染源头和企业生产的全过程控制污染的目的，让企业实现清洁生产。向排污者征收排污费的项目有：污水排污费、废气排污费、固体废物及危险废物排污费、噪声超标排污费等。收取标准按排污者排放污染物的种类、数量以污染当量计征，污水每一污染当量征收标准为0.7元，废气征收标准为0.6元。其中二氧化硫排污费，第一年每一污染当量征收标准为0.2元，第二年(2004年7月1日起)每一污染当量征收标准为0.4元，第三年(2005年7月1日起)达到与其他大气污染物相同的征收标准，即每一污染当量征收标准为0.6元。氮氧化物排放在2004年7月1日前不收费，2004年7月1日起按每一污染当量0.6元收费。对无专用贮存或处置设施，且达不到环境保护标准（即无防渗漏、防扬散、防流失设施）排放的工业固体废物，一次性征收固体废物排污费。每吨固体废物的征收标准为：冶炼渣25元、粉煤灰30元、炉渣25元、煤矸石5元、尾矿15元、其他渣（含半固态、液态废弃物）25元。对排污者产生环境噪声，超过国家规定的环境噪声排放标准，且干扰他人正常生活、工作和学习的，按照超标的分贝数征收噪声超标排污费。 

　　排污费的征收实行市、区县环保部门按月或按季分级征收，市环保局负责征收重点污染源（日排1000吨以上废水的直排水体单位、接纳中心城区污水的污水处理厂和使用20蒸吨以上锅炉的单位）的排污费，其他污染源的排污费由所在区县环保部门执收。按1∶9的比例分别缴入中央和地方金库，即由市环保局征收的排污费收入，10％缴入中央国库，作为中央级预算收入，90％缴入市级金库，作为市级预算收入。由区县级环保部门征收的排污费收入，10％缴入中央国库，90％缴入区县级金库，作为区县级预算收入。 

　　2004年9月，市财政局、市环境保护局联合制定《上海市排污费资金使用管理办法》。明确上海市征收的排污费除按规定上缴中央国库外，应当全部纳入同级财政预算，作为同级环境保护专项资金（含取消各级环保贷款基金后所回笼的资金和排污费历年结余等）管理，全部用于上海市环境污染防治。环境保护专项资金按照有关规定实行分级管理，由市、区县财政和环保部门按照各自的职责共同管理和监督。市级环境保护专项资金用于市级污染防治项目的拨款补助和贷款贴息；区、县级环境保护专项资金用于区、县级污染防治项目的拨款补助和贷款贴息；市、区县财政部门会同环保部门根据项目计划草案及专家评估结果以及财力状况，确定资助的项目及金额，并编入下一年度的环保部门预算。 

　　1991～2005年，共征收排污费收入21.75亿元。