市财政在参与上海社会保障制度改革的过程中，逐步完善不同群体、不同层次的生活保障体系，落实社会保障的有关补助支出。1993年，市财政落实专项资金，提高在新疆等地上海知青生活困难补助标准，1998~2005年，社会保障补助支出196亿元，2005年比1998年增长18倍，主要用于困难企业职工等医疗费报销、新疆等地上海知青生活困难补助、弥补养老保险基金赤字和失水渔民“镇保”（即上海市小城镇社会保险制度，始建于2003年，适用于上海市郊区范围内用人单位及其具有上海市户籍的从业人员，以及经市政府批准的其他人员。可简单概括为“25%+X”，其中，25%为镇保的基本保险部分，包括养老、医疗、失业、生育、工伤五大险种，X为镇保的个人账户部分）专项资金等。 

　　针对特困人员医疗费得不到报销，以及部分困难企业无力解决职工医疗费的矛盾，市财政安排1亿元专款，用于解决1998年度部分困难企业、困难职工的医疗费用拖欠问题，使2450家困难企业中43.7万名困难职工的医疗费得到报销，同时还有2745名民政特困对象、1625名支内退休回沪人员、8400名丧失劳动力的特困户人员的医疗费得到报销。 

　　1993年起落实财政专项资金，提高在新疆、浙江、江西、安徽等地上海知青生活困难补助标准。帮助新疆生产建设兵团在沪建立服务站，管理和处理兵团部分滞留在上海的知青生活和养老等问题。2000年，市财政安排2600万元经费，用于解决新疆上海知青就业、生活等问题。市财政配合市总工会做好支内退休回沪定居、新疆建设兵团退休退职回沪定居等人员2005年度生活困难补助等工作，参与市“化解历史遗留问题”专项工作，研究农婚（知识青年与当地农民结婚）知青、职工遗属、家属劳保等特殊困难对象的社会保障问题。 

　　2002年起，市财政为确保离退休人员养老金按时足额发放，在预算中安排专项资金，用于弥补养老保险基金赤字。2002~2005年，市财政弥补养老保险基金赤字支出36亿元。 

　　2005年，市财政参与研究落实上海市失水渔民等三类对象的 “镇保”工作，安排15.3亿元专项资金，帮助失水渔民等三类人员参加“镇保”。