2004~2006年，随着市与区县财税体制改革目标模式的到位，各区县先后根据自身实际，对乡镇财政体制进行调整。浦东新区制定完善镇级财政体制的实施意见，进一步强化公共财政均衡保障，加强基层服务管理，促进镇级政府职能转变。宝山区将各镇级单位协助征收的房产税、印花税收入下放至各镇；嘉定和南汇两区分别按照优化配置、公共财政、最低保障三项原则，由区领导带队，深入各镇调研，制定区镇级财政体制调整方案。崇明县在广泛听取意见和基础上，在确保县级财力存量相对稳定的前提下，增量部分向乡镇适当下沉。虽然各区县在财权范围、税收分享比例，事权划分上不尽相同，但核心机制基本相同，并取得一定成效。至2005年底，实行体制上解的乡镇有59个，体制补助的乡镇有20个，自收自支的乡镇有32个。 

　　改革后的乡镇财政体制明确了乡镇财力及自主管理本级财政的权利和责任，乡镇发展地方经济促进财政收入增长的积极性得到进一步发挥，乡镇财政收入增长明显高于区县的平均增长率；随着财力的增长，基层政权的正常运转支出已得到有效保障，在公共财政理念的推动下，乡镇加大公共服务的投入力度，部分区县政府从均衡公共服务，提高资金使用效益角度出发，逐步将教育、卫生等纳入区本级统筹范围，有效提高了惠及各乡镇的公共保障水平；各区县从实际出发，均建立了形式多样的转移支付制度，体现公平分配、共同发展的原则。在一定程度上，平衡了区域间的财力差异，推动各乡镇经济和社会事业的均衡协调发展。截至2005年底，上海市的乡镇综合财力达到311.45亿元，比1991年的23.4亿元增加12.31倍，占区县的财力总量达到25%，其中市区镇的财力增长速度普遍较快，比重提高。长宁区新泾镇的财力以年均30%的速度增长；杨浦区五角场镇1991～2005年实得财力，占其完成区级收入的70%以上。郊区县乡镇财力也普遍增长。嘉定区镇级财力从1993年的1.28亿元增至2005年的40.81亿元，年均增幅34.01%；1994～2005年，镇级财力为实行分税制前3年年均可得财力的12.25倍；奉贤区各镇1994~2005年累计完成财政收入69.15亿元，占全区财政收入的64.47%；金山区乡镇财力从1993年的0.91亿元增至2005年的19.45亿元，年均增幅29.07%；1994～2005年，乡镇财力共计74.74亿元，年均财力6.23亿元，为实行分税制前1年可得财力0.91亿元的6.85倍。