1991~1993年，上海财政前两年出现赤字，1993年转为结余。 

　　1991年，全市财政收入175.53亿元，为预算的99.2%，其中地方预算内收入165.09亿元，为预算的100.1%；国家能源交通重点建设基金收入、电力集资建设资金专项收入、教育费附加收入等5.9亿元；地方自筹收入4.54亿元，加上中央补助专项收入、平抑粮食价格基金收入等16.28亿元，收入总计为191.81亿元。财政支出86.05亿元，为预算(调整数)的101.7%，其中地方预算内支出80.85亿元，为预算的101.6%；电力集资建设资金专项支出、教育费附加支出等5.2亿元，上缴中央包干任务105亿元和贡献款5.7亿元，支出总计191.81亿元。收支相抵当年赤字4.94亿元，其中区县财政赤字1.05亿元，市级财政赤字3.89亿元。区县财政赤字和市级财政赤字分别动用本级财政的历年结余和暂借用预算外专项资金来垫补。   

　　1991年财政出现赤字的原因是：（1）减税让利较多。财政一方面要支持企业增强活力给予必要的减税让利，金额为5.8亿元，使当年财政收入任务出现10亿元左右的缺口。另一方面要保证必要的事业经费和负担仍然较多的各种补贴，增加政策性补贴支出1.6亿元，使得财政处于经济转轨的最困难时期。（2）建设任务重。除多渠道集资外，财政投入了一定量的建设资金，主要用于工业、交通建设、重点企业技术改造、三废治理，以及城市基础设施建设等。同时加强了道路、下水道、防汛设施的修理保养和城市环境管理。（3）企业欠交税利增加。由于原材料、能源价格提高，逐步放开粮油价格和住房制度改革而增加职工补贴，企业负担约增加7.5亿元，致使完不成承包的工业企业增多，工业企业应缴而未缴的承包收入达11.9亿元。受“三角债”的困扰，企业欠缴税利最高额达10.8亿元，比年初增加4.8亿元。 

　　1992年，全市财政收入185.56亿元，为预算的101％，加上中央补助收入，平抑粮食价格基金收入等13.92亿元，收入总计为199.48亿元，超额完成了预算，同比增长5.7％；财政支出94.99亿元，为预算的103.7％，加上上解中央包干任务105亿元和贡献款4亿元，增加区县财政周转金2.37亿元，支出总计199.48亿元．收支相抵当年财政赤字6.88亿元，但比预算7亿元压缩了0.12亿元。当年财政赤字能控制在预算之内主要通过地方负担出口退税滞后取得的。 

　　1992年上海财政还有赤字的原因是：（1）收入有增有降。收入增长是指工商税收比上年增长11.2％，下降是指国有企业利税上缴收入同比下降69.9％。（2）支出增长较大。财政经常性支出同比增长13.4％，其中各项政策措施出台增支因素占经常性支出增加额的40％。 

　　1993年，全市财政收入242.35亿元，为年度预算的124％。加上中央补助收入平抑粮食价格基金收入等9.76亿元，收入总计为252.11亿元。财政支出129.26亿元，为年度预算调整数的117.0％，加上上解中央包干任务、贡献款等120亿元，支出总计为252.11亿元，收支相抵，由预算赤字6.5亿元转为结余2.85亿元，相应增加了本市的留用财力。 

　　1993年，上海严格执行中共中央、国务院发布的《关于当前经济情况和加强宏观调控的意见》和《国家预算管理条例》，重新调整地方预算，不打财政赤字。当年财政收支执行结果，由预算赤字6.50亿元转为结余3亿元左右。在收入方面，国民经济的快速增长和商品流通的扩大，使财政收入中与经济增长密切相关的一些主要税种超收较多。在支出方面，主要是市与区县两级政府按照财政包干体制的有关规定，在完成包干上缴任务后，用增长的收入安排了一部分事业发展和改革需要的支出。增加的支出中，重点安排改革资金支持价格和工资制度改革，推动养老保险制度、住房制度等综合改革，支持教育卫生改革，维护社会治安秩序，加快经济开发区建设和城市基础设施建设。